当商标被损毁时，可以采取以下几种方式处理：
协商解决
商标权人可以与侵权人直接协商，要求其停止侵权行为，并赔偿因侵权行为造成的损失。赔偿金额可以根据实际损失或侵权所得利益来确定，若难以确定，可参照商标许可使用费的倍数合理确定。
行政处理
被侵权人可以向当地县级以上工商行政管理部门投诉，请求其介入处理。工商部门有权采取以下措施：
责令立即停止销售侵权商品。
销毁侵权商标标识及用于制造侵权商品的工具。
如果侵权行为难以与商品分离，可责令并监督销毁侵权商品。
根据情节处以罚款，罚款金额根据违法经营额或侵权所得利益的不同而有所差异。
法律诉讼
如果协商无果，被侵权人可以向人民法院提起诉讼，要求侵权人承担相应的法律责任。法院将根据双方提供的证据和相关法律规定，判决侵权人停止侵权行为，并赔偿被侵权人的损失。
报警处理
若侵权行为已经构成犯罪，被侵权人可以直接向公安机关报案，要求依法追究侵权人的刑事责任。
建议
及时行动：发现商标被损毁后，应尽快采取措施，防止侵权行为进一步扩大。
收集证据：在处理过程中，应尽可能收集相关证据，如侵权商品、销售记录、广告宣传材料等，以便在协商或诉讼中提供支持。
专业咨询：在处理复杂或高风险的商标侵权案件时，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议和支持。
